ε- La polilisina és una pols de color groc clar amb una forta higroscopicitat i un gust lleugerament amarg. És un polímer de cadena recta de lisina. No es veu afectat pel valor del pH, és tèrmicament estable (120 graus, 20 minuts) i pot inhibir els bacteris resistents a la calor, de manera que es pot tractar tèrmicament després de l'addició. Tanmateix, quan es troben polisacàrids àcids, sals de clorhidrat, fosfats, ions de coure, etc., la seva activitat es pot reduir a causa de la unió. Quan es combina amb àcid clorhídric, àcid cítric, àcid màlic, glicina i glicèrids grassos més alts, té efectes sinèrgics. El pes molecular entre 3600-4300 ε- Polilisina té la millor activitat antibacteriana, i quan el seu pes molecular és inferior a 1300, ε- Polilisina perd la seva activitat antibacteriana. A causa del fet que la polilisina és una mescla, no té un punt de fusió fix i comença a estovar-se i descompondre's per sobre dels 250 graus. La polilisina és soluble en aigua i lleugerament soluble en etanol. L'anàlisi de l'espectre d'infrarojos de la seva caracterització mostra que hi ha pics d'absorció forts a 1680-1640cm-1 i 1580-1520cm{-1.