El clorur de benzalconi és un tensioactiu catiònic, pertanyent a la categoria de fungicides no oxidants. Té un ampli espectre i una capacitat eficient de destrucció d'algues i bactericides, controlant eficaçment la reproducció de bacteris i algues a l'aigua i el creixement de llim. També té un bon efecte d'eliminació de llim i certs efectes de dispersió i permeació, així com certs efectes de desgreixatge, desodorització i inhibició de la corrosió.
Fàcilment soluble en etanol i acetona. Tot i que la velocitat de dissolució en aigua és lenta, les solucions aquoses són més fàcils de tractar i encara són preferides. La solució aquosa ha de ser neutra a lleugerament alcalina, amb un color que va des de l'incolor fins al groc clar. Quan s'agita la solució aquosa, es produirà escuma. En la solució concentrada, té gust amarg i lleuger gust d'ametlla.